De meest voorkomende behandeling is echter medicamenteus. Die richt zich vooral op het ontlasten van het hart door het bloed dunner te maken of de bloedvaten te verwijden, de kracht van de hartspier te versterken en de vochtregulatie te ondersteunen.

Onderstaand vindt u uitleg over de werking de geneesmiddelen. De tekst vervangt echter op geen enkele manier de arts die de medicatie voorschrijft, u mag dus onder geen beding afwijken van de dosis of de toedieningswijze die u werd uitgelegd. Bij vragen over het geneesmiddel moet u zich wenden tot uw huisarts of kinderarts.

Bloeddrukverlagende medicatie. Deze producten zorgen ervoor dat de bloeddruk laag gehouden wordt of doen de bloeddruk verlagen wanneer deze te hoog blijkt. ACE-remmers verwijden de bloedvaten waardoor de druk waarmee het bloed door het systeem wordt gepompt wordt verlaagd. Voorbeelden van deze medicijnen zijn: captopril, enalapril en perindopril.

Beta-blokkers onderbreken het signaal van de hersenen naar het hart en verlagen de hartslag.

Bloedverdunnende medicatie wordt door artsen veelal 'anticoagulantia' genoemd. Bij kinderen met kunstmatige hartkleppen of bij kinderen die een hoog risico lopen op het vormen van bloedklonters worden bloedverdunners gegeven. We kunnen onderscheid maken in snelwerkende bloedverdunners (sintrom) en traagwerkende bloedverdunners (Fenprocoumon/marcoumar). Daarnaast wordt ook Aspirine frequent als bloedverdunner ingezet.

Hartversterkende medicatie. Digoxine is wellicht het meest gebruikte geneesmiddel in de kindercardiologie. Het wordt gebruikt in verschillende aandoeningen waaronder hartfalen en ritmestoornissen. Digoxine maakt de hartspier sterker en doet het ritme vertragen. Digoxine is afkomstig uit vingerhoedskruid (Digitalis), dat al meer dan 200 jaar geleden werd gebruikt tegen hartzwakte. Digoxine is op recept verkrijgbaar onder de merknaam Lanoxin en het merkloze Digoxine. 

Vochtafdrijvende medicatie, ook wel 'diuretica' genoemd, zetten de nieren ertoe aan om meer urine te produceren en op die manier overtollig vocht uit het lichaam te verwijderen. Deze geneesmiddelen worden toegediend na hartoperaties en bij hartfalen. Hierdoor zullen de patiëntjes gemakkelijker kunnen ademhalen en minder vochtopstapeling in andere delen van het lichaam vertonen. Deze geneesmiddelen worden eveneens gebruikt om de bloeddruk te verlagen. Voorbeelden zijn Lasix®, Esidrex® , Aldactone®